In linea con i requisiti della NASA, il Lunar Module venne equipaggiato con un sistema di navigazione alternativo al PGNCS. Si trattava dell’Apollo Abort Guidance System (AGS). Nel caso del Command Module se si interrompevano le comunicazioni, il Command Module poteva proseguire in maniera autonoma (come venne dimostrato nel corso delle prime missioni Apollo, ad esempio in Apollo 8). E viceversa, se si verificava un malfunzionamento del PGNCS era possibile per il Mission Control utilizzare i sistemi disponibili a terra per ovviare all’inconveniente. Ma per il Lunar Module, durante la discesa verso la superficie lunare, il ritardo dovuto alla comunicazione non permetteva questa soluzione; per questo venne creato l’AGS. Il suo unico scopo era guidare il LM verso un’orbita sicura e il rendezvous con il CM in caso di abort. Non era progettato per permettere l’allunaggio.
Si tratta probabilmente di uno dei sistemi meno citati nei rapporti delle missioni Apollo: ad esempio nelle 330 pagine dell’Apollo Spacecraft News Reference preparato per Apollo 11, non è presente nessun riferimento all’AGS a fronte delle pagine e pagine di descrizione dedicate a descrivere il PGNCS e le sue interfacce.
L’AGS operava in totale indipendenza e parallelamente al PGNCS del LM. In tal modo forniva all’equipaggio una serie di informazioni su posizione, velocità, orientamento e guida che permettevano di monitorare il funzionamento del sistema di guida principale. Nei periodi in cui il LM era dietro la Luna, fuori dal contatto radio col Mission Control, veniva utilizzato per verificare i dati relativi alla navigazione; una capacità che venne testata nei voli Apollo 9 e Apollo 10.
L’AGS era un computer completamente separato dall’AGC, con una diversa architettura, un set di istruzioni diverso, e un diverso ‘sistema operativo’. Nel corso del Programma Apollo non è mai stato ovviamente utilizzato per gestire un abort (non se ne sono mai verificati) ma in alcune occasioni ha dimostrato tutta la sua utilità.